新冠疫情常态化的第二个国庆节,在这金秋时节,不少人选择走出家门,拥抱自然,而许多南科人相应号召留深过节,冷冻电镜中心(以下简称“中心”)的老师们更是坚守岗位一线,保障近百台/套设备的正常运行。下面便是他们的值班日志,让我们一起来看看。
又到了伟大祖国母亲的生日,她已经走过了72载光辉历程了,举国同乐。在这欢庆的日子里,中心依旧是全年无休,我在工作岗位送上对祖国母亲最真挚的祝福!
因为今天是两个月之间衔接的日子,五台电镜都更换了用户,好在同事们提前安排更换了三个课题组的样品,今天早上我就只需要帮助剩下的两个课题组上样品就可以了。同事间的互帮互助真是太暖心了。
依旧是熟悉的日常工作,开门,检查一下各台电镜的参数是否正常,有无报错信息。然后给用户换样品,帮助新用户调节电镜参数。由于1号宝安的特殊设置,还麻烦马晓旻老师远程线上做了一些工作,马老师果真是模范代表。小声说:今年的教师节表彰大会,马老师还获得了“优秀服务奖”,要向马老师看齐。我还看到王培毅、刘铮老师在中心,难怪有人说,中心就是他们的家。博士后刘升、沈亮亮也像平常一样工作在中心。今天的五组用户既有校内的,也有来自校外的,节日假期似乎对他们都不重要,还是充分利用这宝贵的冷冻电镜机时,探索着生命的奥秘。行走在五台电镜操作终端间,忙绿了一上午,出来办公区休息一看时间都已经12点了,怪不得肚子隐隐在叫。
午饭后,对中心进行全面的日常巡检,一间间实验室检查仪器是否有异常情况出现,还有新换的一台冷水机要特别关注一下,一切正常。
晚上王培毅老师邀请今天在中心工作的老师、同学一起去吃饭,这既是庆祝祖国的生日,也是对我们努力工作的犒劳。在海底捞随着咕嘟咕嘟的肥牛肥羊鸭血鸭肠.....完美ending。
300kV冷冻电镜用户
因为过几天我计划回家看父母,和同事换了今天继续值班。
今天还是昨天的用户,经过昨天一天的忙碌,各台电镜都在正常,默默无语地运行中,数据以每分钟几十个Gb的速度飞快地收集着,只是偶然会有个别的小问题需要解决,不禁感叹自己两年来也成长了很多,遇到问题可以独立解决了。今天除了昨天的几位用户外,还来了几位新朋友一起加班做实验——吴静老师在远程测试6号电镜的性能,刘铮老师组的马晓宇、杨佳雯、顾嘉敏使用高压冷冻仪冻组织样品。
一天无大事,下午照例对中心进行日常巡检,晚上下班后直奔飞机场,回去见父母、朋友啦!!
高压冷冻仪实验室在讨论实验方案
今天是10月3号,国庆节第三天,天气晴。早上一到实验室,例行检查一下电镜的状态。6台300kV冷冻电镜都正在自动收集数据中。嗯嗯,状态都还可以,很稳定,没有发现偏光,偏孔现象,像散值也都还可以,这得益于我们平时像对待小孩子一样精心呵护着这些贵重娇气的仪器,按照专业的要求维护,使它们保持在最佳工作状态。可以安心的接杯水坐下来喝,看一下今早哪些用户需要换样。今天有三台电镜需要更换样品,够我忙一阵子的。
上午一切都挺顺利,下午快下班前2号机用户说EPU报错了。检查了下报错信息,根据经验需要重启电镜UI,或者换用SerialEM软件来收。考虑到高压的稳定性,建议用户改用为SerialEM软件收集。软件设置完后,也快到下班时间了。跟用户们交接好工作,安排妥当后,今天我的工作结束了。我就赶往我的下一站电影院,陪家人去看电影“我和我的父辈”。临行时注意到王培毅、刘铮老师还在他们的“家”中忙碌着。
前天远程到办公室电脑处理down掉节点时,经谭菊英老师提醒,跟用户沟通提前处理好上样事宜。今天一早来到中心值班,看到博士后刘升在小憩,估计昨晚又工作了一个通宵,辛苦地收数据。
巡检了室外机器围栏、空调机房和超算机房,温湿度一切正常。登录集群系统检查了超算节点状态、管理节点用户行为、系统安全日志等,一切正常。
中心的预约系统九月份已经开始使用了,但是还有一些遗留问题和用户在使用中发现的问题需要处理。打开中心的网站,先发现了冷冻电镜会议新闻页无法打开,跟和思淼老师和开发联系在后台处理掉。预约系统用户注册页面需要更改提示,以防止有些用户注册到别的PI名下。继而发现文字提示内容有误,且不清晰。找了技术产品负责人进行记录,他还在假期,约定在假期结束时找我们讨论、确定修复方式。
接下来的时间阅读最新发表的paper,继续我自己的科研课题。
用户作业状态
不知不觉已经到了假期的第五天,早上8:45到达办公室开始一天的准备工作,深圳虽然还是高温天气,但是早晚已有丝丝凉意,上班的路上步伐更加轻松。巡查之后发现机器一切正常,于是开始准备今天的上样工作。今天有四台机器需要换样,任务艰巨,样品换完之后已经接近11点。
今天主要的用户支持是一号机数据采集,一号机用户为来自校外的新用户,他的名字不仅没有在提交的机时申请上,而且还没有电镜使用经验。我不得不先核对他的身份,确定是有此人,然后对他进行了一些基本知识培训。随后我对K3相机进行了扣背底操作,以去除昨晚因为相机升温导致的背底变化,然后指导用户进行筛样的基本操作,最终该用户也顺利的收集上了数据。我们今后在分配机时的时候,有必要对用户强调,尤其是校外用户,他们需要通过基本培训。现在冷冻电镜的机时仍然非常珍贵,中心每个月可提供的时间远远无法满足快速增长的用户需求。用户经过培训,才能充分使用分配给他们的机时,提高数据收集的效率。
午饭回来之后对中心的所有区域进行了安全巡查,其中的一台冷水机是近期的重点关注对象,还好假期期间没有出现过停机的情况。今天机器的状态也很稳定,除了预处理EMflow系统需要重启手动加载之外,暂时没有其他的状况。
终于有了一点空闲时间之后我开始了六号机的数据采集,六号机还处在安装调试阶段,趁着假期厂家工程师不上班,我们有了大段的时间可以进行一些标样的数据采集。前两天远程收集数据电镜工作状态正常,今天改变在能量过滤模式下进行电子断层扫描数据的收集,在做完准备工作之后时间已经来到了晚饭时间,简单的吃完晚饭后对感兴趣的区域进行选取,在7点半的时候结束今天的工作,又是充实的一天。当然,王培毅老师一如既往的继续在中心工作,他明天还会亲自对六号机进行调试,期待。
距离上次在校已过去5天,我度过了一个2018年春季学期以来最长的一个假期。回想前三个国庆,我分别在中心进行了深度七、五、四日游,而今年仅有一日游,这说明中心三年来发展迅速,可以独当一面的工程师越来越多。
节假日开往学校的公交路线十分畅通,工作日一小时起步的通勤今天只用了40分钟。到达中心还不到8点50,但已有校外用户在门外等待。开门检查好各机器状态后开始了新用户的换样工作。非常高兴的看到,我们开放使用的五台电镜的状态都很稳定,心中为我们过去的努力工作而获得的成绩自豪。希望今年能够像去年一样,继续保持97%以上的完好率,这可是世界级先进管理水平。自去年9月中心开展冷冻电镜高级用户培训后,一批高水平的用户队伍逐步建立起来,尤其是校内用户。除了在光路上需要我帮助检查调节,各通过培训的高级用户都有条不紊地进行着自助操作。我则利用这个时间,开始汇总用户9月纸质版收费单。每次看着厚厚一叠账单,总是希望预约网站的收费功能早日正式启用,免去转电子版这步。
晚六点半,我开始了日常巡检,长假倒数第二天中心各设备运行正常,我也开心地结束了一日游。
9月收费单
今天是国庆假期的最后一天。校园仍然还比较安静,大部分人还在享受最后一天假期。早上来到中心,例行检查了各个房间的状态,没有发现异常。6台Titan Krios也都在正常地进行数据收集。我查看了今天的机时安排,用户中包括香港城市大学孙老师、广州中医药大学周老师和北京化工大学冯老师,他们之前来中心收过数据。2、3、4号机需要更换样品。我按照流程为3台机器的用户装载了样品,一切顺利,没有出现任何问题。今天的用户基本都能够自行操作电镜并进行数据收集,不需要我为用户进行事无巨细的设置。这多亏了中心各位老师2年以来的用户培训工作。在确认电镜没有问题后,我回到自己的工位上,处理其他事务。下午,王培毅老师发现南侧走廊外的冷水机有异响。我爬上冷水机的外机,发现有台机器的风扇转轴不稳,导致机器外壳振动发出响声。晚上下班前再次检查了各个机器和房间,并记录了电镜和循环水的参数,没有发现其他异常,顺利地结束了假期最后一天的值班工作。
金秋十月,万物斑斓,家国可爱,中心的工作人员和用户们一起工作、学习,先跑30米,在大家的一并努力下,中心来日可期。