南方科技大学冷冻电镜中心，是深圳市政府出资、 南方科技大学牵头建设的重大基础科学设施与公共服务平台，面向全学科、全社会开放共享，用户可通过网上系统进行注册和设备预约。

南方科技大学冷冻电镜中心总建筑面积1256平方米，筹建于2017年6月，2018年11月在南方科技大学生物楼一楼揭牌成立。中心立足深圳、服务粤港澳大湾区、辐射全国，秉持全面开放共享的运行理念，重点支撑多学科基础研究与产业技术创新升级。全面服务生物制药、临床医学、生命科学、材料科学、农林科学等领域基础研究，同时为各类市场主体技术迭代、转型升级和创新研发提供高水平技术支撑。

冷冻电镜是面向生命科学研究的核心技术手段。该技术的普及应用改变了生命科学传统研究方式，为结构生物学带来革命性发展。它突破了生物大分子结构解析中的多项技术瓶颈，近十余年多次入选国际权威期刊年度重大科学进展；诺贝尔奖委员会评价其 “使得生物化学进入一个新时代”。

中心拥有一支开展基础科研和提供技术服务的高水平团队，合作伙伴遍及国内外众多著名高校、研究和医疗单位，并由领域内著名科学家担任顾问委员会委员。

作为深圳市大科学装置平台，中心支持的技术领域主要有低剂量冷冻高分辨显微成像、单颗粒冷冻电镜、电子断层成像、微晶电子衍射、电子能量损失谱(EELS)分析、细胞和组织生物学电镜研究等。中心安装有300 kV冷冻电镜、120 kV电镜、扫描电镜、以及围绕这些显微成像设备相关的样品制备仪器，包括常温/低温超薄切片机、高压冷冻仪、投入式快速载网冷冻仪、真空镀膜仪、表面等离子清洗仪等。同时搭建高性能计算集群，支撑显微图像数据的存储与处理。