南方科技大学冷冻电镜中心是深圳市政府出资、南方科技大学牵头建设的重大基础科学设施公共平台，总建筑面积1256平方米，筹建于2017年5月，并于2018年11月在南方科技大学生物楼一楼揭牌成立并投入使用。该中心旨在支撑深圳市、粤港澳大湾区及中国南方在生物医药、精准医学、新能源新材料方面的科学研究及产业升级，并积极服务于国家战略需求，构建人类命运共同体和推进 “一带一路”发展。

冷冻电镜技术改变了许多生物领域的研究方式,已成为结构生物学研究的利器，这项技术克服了生物分子结构解析中的许多难点，被诺贝尔奖官方称为“使得生物化学进入一个新时代。与南方科技大学已经建设的X射线晶体学平台、核磁平台形成互补，共同构成蛋白质、细胞和组织的高分辨三维结构研究的重要设施平台。

作为深圳市重大基础科研设施平台，平台支持的技术领域主要有低剂量冷冻高分辨显微成像、单颗粒冷冻电镜、电子断层成像、微晶电子衍射、细胞和组织生物学电镜研究等。中心安装300kV冷冻电镜6台以及120kV电镜、扫描电镜、以及围绕这些显微成像设备相关的样品制备仪器，包括常温/低温超薄切片机、高压冷冻仪、投入式快速载网冷冻仪、真空镀膜仪、表面等离子清洗仪等。此外，平台拥有完整的显微图像数据存储和处理高性能计算机集群一套。